El proceso de emancipación de Panamá de España fue del agrado de Estados Unidos, en tanto, según la doctrina Monroe, la independencia libraba a América de la influencia de potencias europeas. Esa nación se encontraba a la expectativa de las decisiones y acciones que emprendieran las nuevas naciones.
Por otra parte, Simón Bolívar, uno de los líderes de la independencia de América del Sur, estaba en abierto desacuerdo con la doctrina Monroe. Bolívar pensaba que esa política era una justificación para que Estados Unidos interviniera en los asuntos de los países latinoamericanos.
Además, Bolívar quería que los países recién independizados se integrarán en un bloque de naciones, lo que él llamó una liga anfictiónica, aunque no fue el primero en plantear esa idea. La integración debía abarcar todos los países de habla castellana, con lo que dejaba por fuera a Estados Unidos.
En realidad, Simón Bolívar se inclinaba por la influencia inglesa, al punto de manifestar, en su Carta de Jamaica (1815), que las naciones latinoamericanas deberían imitar al gobierno inglés, con excepción de la figura del rey.
En concordancia con el plan de unificación, Bolívar propició la creación de la Gran Colombia en 1819. En ese momento la entidad incluía a Venezuela, Ecuador y Nueva Granada.
Con el fin de integrar a los países latinoamericanos, Bolívar organizó un Congreso anfictiónico, y su sede fue Panamá, El Istmo de Panamá, según Bolívar, era vital para la organización de la liga anfictiónica.
En la convocatoria al congreso expresó lo siguiente sobre nuestro país: "Parece que si el mundo hubiese de elegir su capital, el Istmo Panamá sería señalado para este augusto destino, colocado como está en el centro del globo, viendo por una parte el Asia, y por el otro el África y la Europa".
La convocatoria al Congreso se hizo en diciembre de 1824. Se invitó a representantes de México, Gran Colombia, Federación de Centroamérica, Bolivia, Chile y las Provincias del Río de La Plata. Además, se invitó, en calidad de observadores, a representantes de Inglaterra, Holanda y Estados Unidos.
La invitación de Estados Unidos corrió por cuenta de Francisco de Paula Santander, vicepresidente de la Gran Colombia. Él no concordaba con el pensamiento de Bolívar respecto a Estados Unidos.
El Congreso anfictiónico se efectuó entre el 22 de junio y el 15 de julio de 1826. Los delegados de Chile, Bolivia y las Provincias del Río de La Plata no asistieron. Los dos enviados de Estados Unidos tampoco participaron: el primero murió antes de llegar a Panamá, y el segundo no llegó a tiempo.
No obstante, se conocía que los diplomáticos estadounidenses tenían instrucciones de no permitir que se eliminara la esclavitud en Cuba y Puerto Rico, ni favorecer los intentos de independizar esos sitios. Además, Estados Unidos quería asegurarse el control de una posible vía interoceánica por Panamá.
En relación con Estados Unidos, el Congreso anfictiónico tenía la intención de hacer que ese país aplicara la doctrina Monroe si España quisiera reconquistar algunos territorios.