Los estudiosos coinciden en afirmar que nuestra independencia de España fue tardía en comparación con otros territorios coloniales, como el Virreinato de Nueva Granada. Si bien Panamá recibió invitaciones de apoyo a la emancipación de las juntas independentistas de Quito, Cartagena y Santa Fe, entre 1809 y 1810, se negó a participar en esos movimientos.
La negativa obedeció al bienestar económico que reinaba en Panamá a principios del siglo XIX, debido a una política comercial favorable emitida por España. Esta incluía la posibilidad de comerciar con las colonias inglesas en las Antillas y con Estados Unidos. El comercio en esta época se volvió muy lucrativo para los istmeños.
El 10 de noviembre de 1821, los criollos asentados en la Villa de Los Santos lanzaron la primera proclama de independencia. En su declaración los santeños solicitaban la protección de Simón Bolívar, y se quejaban de los abusos cometidos por los funcionarios españoles. Otros pueblos, como Natá, Pocrí y La Tablas, dieron su apoyo al movimiento de la Villa.
En la capital, Panamá, el movimiento de los pueblos del interior fue recibido con precaución. Según algunos líderes independentistas, como Mariano Arosemena, la actuación los santeños fue precipitada y pensaba que el movimiento de emancipación debía coordinarse desde la capital, pues ahí se ubicaban las autoridades coloniales.
Un factor que propició la independencia del Istmo fue la escasa fuerza militar española en el territorio. Eso se debió a la salida, en octubre de 1821, de Juan de la Cruz Murgeón (último gobernador del Istmo) con gran parte de la milicia para reconquistar los territorios emancipados de Nueva Granada.
Los soldados que se quedaron en Panamá desertaron o aceptaron sobornos para abandonar la milicia. Eso facilitó que la declaratoria de independencia encontrara trabas por parte de autoridades españolas.
Los ciudadanos a favor de la independencia convocaron a un cabildo abierto en la ciudad de Panamá. A esa reunión asistieron el pueblo y autoridades civiles y eclesiásticas, como fray José Higinio Durán, y los presbíteros Juan José Martínez y Manuel José Calvo.
Así, el 28 de noviembre de 1821, en el Acta de independencia se proclamaba que "Panamá, espontáneamente y conforme al voto general de los pueblos de su comprehensión, se declara libre e independiente del gobierno español". Al mismo tiempo, el acta anunció la unión del Istmo de Panamá a la Gran Colombia, y se nombró a José de Fábrega como jefe superior del Istmo.